การคัดแยกไส้เดือนมีหลายวิธี ตามความเหมาะสม ความสะดวกของผู้เลี้ยง ปริมาณไส้เดือนที่เลี้ยง และความเอื้ออำนวยของสถานที่จัดการ
วิธีที่ 1.
ท่านที่เลี้ยงไส้เดือนปริมาณไม่มากในภาชนะ ท่านสามารถคัดแยกไส้เดือนได้โดย
นำผ้าพลาสติก 1 ผืนมาปูบนพื้น โดยทำกลางแสงแดด จากนั้นนำเบดดิ้งที่มีไส้เดือนอาศัยอยู่ มาเทกองเป็นลูกภูเขาเล็กๆ หลายๆ กอง บนผ้าปูพลาสติกที่ปูไว้ ซึ่งโดยธรรมชาติของไส้เดือนแล้ว ไส้เดือนจะกลัวแสงแดดและมุดหนีลงด้านล่างหากถูกแสง จากนั้นปล่อยทิ้งไว้ 20 นาที จึงทำการปาดดินจากส่วนผิวด้านบนออกทีละน้อย จนเมื่อเจอไส้เดือนเมื่อใดจึงหยุดปาดผิว และปล่อยทิ้งเอาไว้อีกประมาณ 20 นาทีเพื่อรอให้ไส้เดือนมุดลงด้านล่าง ท่านจะทำเช่นนี้ไปเรื่อยๆ จนกระทั่ง ในที่สุดแล้ว ไส้เดือนเกือบทั้งหมดจะลงมาขอรวมกันด้านล่างของกองดิน ทำให้ง่ายต่อการเก็บเกี่ยวไส้เดือน นำไส้เดือนที่ได้ นำไปเลี้ยงในภาชนะเลี้ยงใหม่ต่อไปและเติมที่อยู่ในภาชนะใหม่ให้เต็ม
วิธีที่ 2.
หยุดให้อาหารที่เลี้ยงไส้เดือนเป็นเวลา 10 วัน หลังจากนั้นดันเบดดิ้งเก่าไว้ด้านหนึ่ง ใส่เบดดิ้งใหม่ลงไปอีกด้านหนึ่ง แล้วให้รดน้ำที่เบดดิ้งใหม่ให้ชุ่ม และงดให้อาหารแก่ไส้เดือนในเบดดิ้งเก่า ปล่อยทิ้งไว้ 1 อาทิตย์ ซึ่งหลังจากนี่ไส้เดือนเกือบทั้งหมดจะมาอาศัยที่เบดดิ้งใหม่แทน จึงทำการเก็บที่อยู่เก่าเพื่อนำมูลไส้เดือนไปใช้ประโยชน์ต่อไป
วิธีที่ 3.
ใช้เครื่องคัดแยกไส้เดือน วิธีนี้เหมาะสำหรับฟาร์มใหญ่ ที่ต้องคัดแยกไส้เดือนเป็นปริมาณมาก
